Movable Typeのエントリー数が多くなると、新規投稿時に500エラーが出ることが増えます。それで、トラックバック送信に失敗することが多々あります。
私が使っているXREAは顕著のようです。
CGIの実行時間が長すぎるとダメみたいです。
XREAの仕様に関するページを見ると、以下のような記述もありますし。
■負荷対応
・実行時間が30秒を越えるタスク(通常は1秒以内)、CPU使用率が15%を越えるタスク(通常は0.5%以内)は、強制終了されます。（データの書きこみをしている場合は、破壊される可能性があります。掲示板の場合は表示件数を減らす、データサイズを少なくする、などで対応してください）
もし、アーカイブテンプレートから生成されるページ（3.3xのデフォルトでは、archive.html）に対してリンクを張らないのなら、テンプレートごと削除する方がいいと思います。生成に時間をかなり取られますから。
（追記）効果抜群です。
500エラーを出すことがなくなりました。
