とりあえず、サイト名がおまけって言うのは、ちょっと言い過ぎ。
Movable TypeなどのBlogツールが流行る前は、左上にサイトロゴ（サイト名）でマークアップはトップ以外でh1は使わなかったのだけども。そもそも見出し部分をを見出しとしてマークアップしていたのか？と。
サイト全部のページでサイトタイトルをh1でマークアップしているのは、Blogツールの影響でしょう。
確かに考えなくてもイイという点では楽ですが、文書内での重要度を考えると違和感があるのも事実。
ちょっとばかり再考して、見出しレベルの調整をしました。
インデックスについては、記事タイトルをh3→h2へ。サイトタイトルはh1のままです。
エントリーアーカイブについては、記事タイトルをh2→h1へ。
カテゴリーアーカイブと月別アーカイブは見出しレベルの調整はなし。
インデックスについては、サイト名は最重要事項なので、h1は妥当だと考えます。記事タイトルをh2にしたのは、記事タイトル前の日付の表示をしていないこと、記事タイトルがサイトバーでのナビゲーションパーツよりも下のレベルというのは良くないなという点で。
エントリーアーカイブは、記事のタイトルが重要なので、h1に格上げ。サイトタイトルは、エントリーアーカイブ内では重要度が下がるし、見出しとしてマークアップするのも適切じゃないなと感じたので。
カテゴリーアーカイブと月別アーカイブは、記事タイトルしか表示しないようにしている（＝記事本文を表示していない）ため、サイト名→アーカイブタイトル名→個別記事タイトルの順番で見出しレベルを割り当てています。
ちなみに、ホームページ・ビルダーで静的なページを作成する際は、サイトのトップ以外でh1を使うことはないですね。
